Merge: jwrapper: use the latest Java collections and other updates

Simplify a lot the code, but will strike a single item from the TODO list #794.

@Freddrickk j'efface toute la logique de gestion des arrays car #1079 wrap les array Java. Est-ce que j'ai ai trop enlevé, ou oublié?

Pull-Request: #1083
Reviewed-by: Jean Privat <jean@pryen.org>
Reviewed-by: Romain Chanoir <chanoir.romain@courrier.uqam.ca>
Reviewed-by: Frédéric Vachon <fredvac@gmail.com>