tests: update deserializations tests with nitce because fixed autoinit fix things

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

lib/neo4j: use `nosuper` in named constructors to avoid the initialization of `internal_properties`

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

lib/geometry: named constructors use autoinit

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

lib/date: named constructors use autoinit

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

refund: `Dollar::from_float` use the autoinit constructor

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

nitrpg: `from_json` constructors use the autoinit constructor

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

nitcc: make the autoinit constructor of Automation without parameter

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

tests: update sav for enforced superautoinit

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

autosuperinit: constructors can be defined in interface, so autosuperinit should search for them

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

tests: update example_hanoi with saner constructor

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

src/niti: PrimitiveNativeFile use autoinit in named inits

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

lib/sqlite3: use autoinit in named init `open`

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

src/location: use `nosuper in some specific named constructors

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

lib/string: named constructors call the autoinit explicitly

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

Merge: Some bugfixes and small improvements for nitiwiki

Pull-Request: #1558
Reviewed-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>
Reviewed-by: Lucas Bajolet <r4pass@hotmail.com>

tests: update sav for nitiwiki

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

Merge: Bytes migration

As a penultimate step to finish #1262, here are some byte-oriented operations on both `NativeString` and `Text`

Next to come in the infamous Unicode series, a reroll of #1277.

Pull-Request: #1551
Reviewed-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>
Reviewed-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

nitiwiki: remove `-s` as short `--status` because it is already short `--rsync`

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

nitiwiki: custom config messages are less verbose

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

nitiwiki: error on --rsync if wiki.rsync_dir is not configured

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

nitiwiki: protect arguments of sys.system

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

nitiwiki: improve rendering messages with name and paths.

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

nitiwiki: remove completely root_url as everything is now relative

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

nitiwiki: reintroduce `allow absolute wikilinks` (c2802e0b4) broken by 98a42459

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

nitiwiki: reintroduce `make wikilink relative` (d03b2d99f) broken by 98a42459

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

tests: Update for new NativeString and Byte views

Signed-off-by: Lucas Bajolet <r4pass@hotmail.com>

src: Compiler and interpreter updates for NativeString

Signed-off-by: Lucas Bajolet <r4pass@hotmail.com>

base64/websocket: Rewrite for clarity and compliance to Byte-oriented NativeString

Signed-off-by: Lucas Bajolet <r4pass@hotmail.com>

lib/standard: NativeString operations are now Byte-oriented instead of Char

Signed-off-by: Lucas Bajolet <r4pass@hotmail.com>

lib/binary: Update modules to work more with Bytes now

Signed-off-by: Lucas Bajolet <r4pass@hotmail.com>

lib/standard/text: Most chars operations are no longer working on NativeString

Signed-off-by: Lucas Bajolet <r4pass@hotmail.com>

lib/io: Changed the semantics of read/write byte to use Byte instead of Int

Signed-off-by: Lucas Bajolet <r4pass@hotmail.com>

lib/standard/ropes: Substrings now work with FlatStrings

Signed-off-by: Lucas Bajolet <r4pass@hotmail.com>

lib/standard/text: Intro bytes services on Text

Signed-off-by: Lucas Bajolet <r4pass@hotmail.com>

lib/standard/text: Intro bytelen in abstract_text

Signed-off-by: Lucas Bajolet <r4pass@hotmail.com>

Merge: Rosetta Code: S-Expressions

Simple S-Expressions parser, take only the two last commits into account, as the rest belongs to #1448.

Pull-Request: #1471
Reviewed-by: Jean Privat <jean@pryen.org>
Reviewed-by: Istvan SZALAÏ <szalai972@gmail.com>

Merge: lib/geometry: intro more services on points and for angles

Some useful services for games and other geometry heavy applications.

I must say that I'm getting tired of the points API. Dealing with both the numeric complexity and the 2/3D is unpleasant. I will probably remove/separate the 3D part in the near future.

Pull-Request: #1557
Reviewed-by: Jean Privat <jean@pryen.org>
Reviewed-by: Lucas Bajolet <r4pass@hotmail.com>

Merge: Intro HashMap23::has, Timespec::millisec|microsec and misc clean up

Pull-Request: #1556
Reviewed-by: Jean Privat <jean@pryen.org>
Reviewed-by: Lucas Bajolet <r4pass@hotmail.com>

Merge: Intro the performance_analysis module to gather perf stats by categories

This modules provides simple stats (avg, min, max, count) on the execution time of categories. I use this module in my games to detect performance bottlenecks.

If anyone has an idea for a better name, I'm open to suggestions.

Pull-Request: #1555
Reviewed-by: Jean Privat <jean@pryen.org>
Reviewed-by: Lucas Bajolet <r4pass@hotmail.com>

Merge: contrib/inkscape_tools: Report invalid files and cleaner Makefile

Pull-Request: #1554
Reviewed-by: Jean Privat <jean@pryen.org>
Reviewed-by: Lucas Bajolet <r4pass@hotmail.com>

Merge: Binary serialization

Introducing the binary serialization services! (In use in both WBTW and Tinks!) Also fix a few bugs in the serialization phase...

The serialization format is somewhat similar to BSON. The main differences are the support for instances, the precise instance types (as in `Array[MyClass]`), different data types id because we don't have the same data types and that we don't start off with the length of the stream. But we use a similar grammar, null-terminated lists and objects, as well as both a null-terminated string and a block which support UTF8.

The errors system can still be improved. There is too much noise but one can only look at the first error and it is usually enough.

Pull-Request: #1553
Reviewed-by: Jean Privat <jean@pryen.org>
Reviewed-by: Lucas Bajolet <r4pass@hotmail.com>

examples/rosettacode: Added s_expression task

Signed-off-by: Lucas Bajolet <r4pass@hotmail.com>

lib/parsers: Added S-Expression parser

Signed-off-by: Lucas Bajolet <r4pass@hotmail.com>

Merge: nitdoc: Use wikilinks on README files

This PR introduce the use of wikilinks in README files.

It's mainly a request for comments on what you want, what you need and what you like from Nitdoc and README writting.

0f6ff78 gives an example of README file written using wikilinks. The processed result by nitdoc is visible [here](http://gresil.org/jenkins/job/CI-nitdoc/ws/doc/stdlib/group_github.html).

Supported commands for now:

* `[[doc:MEntity]]`: include the documentation article or an MEntity
* `[[list:MEntity]]`: list classes or methods from than MEntity

Old API pages still available, there are prefixed with `api_`.

Demos from [Jenkins::CI-nitdoc](http://gresil.org/jenkins/job/CI-nitdoc):
* [Standard library](http://gresil.org/jenkins/job/CI-nitdoc/ws/doc/stdlib/index.html)
* [Nit compilers and tools](http://gresil.org/jenkins/job/CI-nitdoc/ws/doc/nitc/index.html)

Some question still need to be answered:
* What to do with old API page (http://gresil.org/jenkins/job/CI-nitdoc/ws/doc/stdlib/api_group_github.html)
* What comment to display in API page (http://gresil.org/jenkins/job/CI-nitdoc/ws/doc/stdlib/api_group_github.html)
* What commands should be supported by wikilinks directive?

Pull-Request: #1447
Reviewed-by: Lucas Bajolet <r4pass@hotmail.com>
Reviewed-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

lib/geometry: add few services for angles

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

lib/geomerty: intro Point::dist, dist2, lerp and ==

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

lib/realtime: intro micro|millisec

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

lib/serialization: do not abort when deserializing an unknown class

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

tests: add test for `binary::serialization`

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

github: enhance Github documentation as example for Nitdoc README files

Signed-off-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>

nitdoc: update tests

Signed-off-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>

nitdoc: generate README file doc pages

Signed-off-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>

lib/binary: intro `BinarySerializer` and `BinaryDeserializer`

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

lib/more_collections: intro `HashMap[2|3]::has`

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

lib/pthreads: relay error on init from C to Nit

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

lib/opengles1: clean up C warning

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

lib/geometry: points_and_lines are serializable

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

lib: intro performance_analysis

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

lib/mnit: fix `KeyEvent::is_up`

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

src/serialization: use how_serialize to fix generation of call to constructor

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

src/serialization: call constructor only on concrete classes

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

src/serialization: extract annotation search logic to AClassDef::how_serialize

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

version 0.7.6

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

contrib/inkscape_tools: better error message on invalid input files

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

contrib/inkscape_tools: clean up Makefile

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

Merge: Use the DOM parser in the RSS Downloader contrib

`rss_downloader` now uses the DOM XML parser instead of regex to read RSS files. It is also easier to customize its behavior from the config class.

This PR also adds a few services to the DOM parser and fix a few bugs.

---

This PR is based on #1448 with fixed line endings.

Pull-Request: #1545
Reviewed-by: Jean Privat <jean@pryen.org>
Reviewed-by: Lucas Bajolet <r4pass@hotmail.com>

Merge: Remove niti hacks on NativeString and NativeFile

Previously, the interpreter used a FlatBuffer to implement NativeString and a File to implement NativeFile. This caused issues with applications using (mostly) `is_address_null` which could not be implemented correctly with these implementations.

This PR uses a real NativeString and NativeFile to implement the same class. For NativeFile, it is handled by the FFI so removing the old code is enough. For NativeString, many of its methods are intern so they had to be updated.

Pull-Request: #1543
Reviewed-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>
Reviewed-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

Merge: nitdoc: use svg instead of png

NItdoc asks `dot` to render svg format instead of png.

Advantages:
* better performances
* less files
* better image quality
* css-able

Benchmarks against nitdoc-next (#1446):

Pull-Request: #1501
Reviewed-by: Jean Privat <jean@pryen.org>
Reviewed-by: Lucas Bajolet <r4pass@hotmail.com>

contrib/rss: fix using the short filename to build patterns

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

contrib/rss: do not check for previously downloaded files

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

contrib/rss: extract action applied to selected elements

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

contrib/rss: use the dom parser

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

lib/file: fix doc of `Path::filename`

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

lib/dom: intro `XMLStartTag::data`

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

lib/dom: intro `XMLEntity::[]`

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

src/nitc: ignore SIGPIPE

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

Merge: Deserialization manage errors & easily create Nit object from pure JSON

This PR intro better error management to the deserialization phase, the abstract engine and the JSON implementation. Deserialization of a malformed JSON string or a JSON serialized object from a different program version do not crash the program anymore, it will instead raise errors. When errors are raised, the deserialized object may be inconsistent with uninitialized attribute. Depending on the context, the object may have to be discarded or, usually with the user consent, it can be used with possible fatal failures later.

### Cool bonus part
This PR also lighten the JSON format expected by the deserializer. This allow for nicer custom creation of Nit objects from JSON.

For example, given a Opportunity-like Web app using the Nit class `MeetupConfig` declared like so:

~~~nit
class MeetupConfig
    serialize

    var description: String
    var max_participants: nullable Int
    var answers: Array[FlatString]
end
~~~

On the client-side JavaScript code, one can create a JSON object that will be converted to a Nit instance of `MeetupConfig` by the JSON deserialization services:

~~~json
{"__class": "MeetupConfig", "description": "My Awesome Meetup",
 "max_participants": null, "answers": ["Pepperoni", "Chicken"]}
~~~

### Future work

* We may need to precise the types of a few errors. Especially to differentiate between fatal errors and errors that can be overlooked. There is already `IOError` and `AttributeTypeError` that should be considered fatal.
* Infer advanced array type, such as `Array[MeetupConfig]`. As of now, only arrays of string, int, float, objects and their nullable variants are created.

Pull-Request: #1544
Reviewed-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>
Reviewed-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

Merge: Minor Improvements to the Parallelisation Phase

Support modules without a module declaration and nullable types in threaded methods.

---
Don't worry, it's the last PR for today and my dev branches are getting short.

Pull-Request: #1546
Reviewed-by: Jean Privat <jean@pryen.org>
Reviewed-by: Romain Chanoir <chanoir.romain@courrier.uqam.ca>

Merge: Fix issues in tests introduced by previous series

The main issue was that args where no more tested because of a bad variable scoping in bash

Pull-Request: #1547
Reviewed-by: Romain Chanoir <chanoir.romain@courrier.uqam.ca>
Reviewed-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

Merge: mongodb: auto generate ObjectId for inserted and saved documents

This PR enables the generation of unique ObjectIds for new JsonObject added to collection.

Example when inserting a document:
~~~nit
var obj = new JsonObject
obj["foo"] = "bar"
print obj.to_json
~~~

Object before insertion:
~~~json
{
   "foo": "bar"
}
~~~

After insertion:
~~~nit
collection.insert(obj)
print obj.to_json
~~~
~~~json
{
   "_id": {"$oid": "5578e5e5f34422650c27af01"},
   "foo": "bar"
}
~~~

Pull-Request: #1500
Reviewed-by: Jean Privat <jean@pryen.org>
Reviewed-by: Romain Chanoir <chanoir.romain@courrier.uqam.ca>
Reviewed-by: Lucas Bajolet <r4pass@hotmail.com>

Merge: lib/markdown: add some tests for xml parsing inside a markdown block.

Added some test in the hope to reproduce #1059 bug. Everything is working as expected.

Closes: #1059 (can't reproduce)

Signed-off-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>

Pull-Request: #1497
Reviewed-by: Jean Privat <jean@pryen.org>
Reviewed-by: Lucas Bajolet <r4pass@hotmail.com>

Merge: examples: add json example from rosetta code

Signed-off-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>

Pull-Request: #1494
Reviewed-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

Merge: DOM XML

Hi,

As Nit programmers, we might have to parse XML sometimes for one use or another.

We already had a SAX parser in library for the cases when one wanted to parse a long XML document in a memory-conscious way, often at the expense of the simplicity of the end-program.

This PR adds a very simple DOM parser that will need to be improved and robustified later, but who right now does the basics and should parse valid xml documents.

There is still a long way to get a full spec-compliant XML parser, but this is one base.

Pull-Request: #1448
Reviewed-by: Jean Privat <jean@pryen.org>
Reviewed-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>
Reviewed-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>

tests: niti does not report the same line than nitc

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

tests: update json serialization test results

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

tests: test a custom JsonDeserializer::class_name_heuristic

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

lib/json: add hook to customize the deserialization of plain JSON objects

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

lib/json: document deserializing custom JSON code to Nit objects

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

tests: test the tolerance of the JSON deserializer on custom JSON code

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

tests: tests.sh do not grep on inexisting file to avoid warnings

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

tests: tests. use local variable in functions to avoid scope issues

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

src/parellalization_phase: minor style tweaks

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

src/parallelisation_phase: do not rely on module name declaration

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

src/parellalization_phase: support nullable parameters in threaded methods

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

src/parallelisation_phase: remove superfluous if block

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

lib/markdown: add some tests for xml parsing inside a markdown block.

Signed-off-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>

lib/mongodb: check null receiver when accessing names collection

Signed-off-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>

lib/mongodb: set automatic last id when inserting or saving a JsonObject

Signed-off-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>

tests: Added tests for DOM XML parser

Signed-off-by: Lucas Bajolet <r4pass@hotmail.com>

lib/json: infer type of simple JSON array at deserialization

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>