neo: Complete the documentation of neo.nit.

The documentation of the database model missed many attributes and
relationships.

Signed-off-by: Jean-Christophe Beaupré <jcbrinfo@users.noreply.github.com>

Merge: Move `common_ffi` to `ffi` and clean up typos

Renaming `common_ffi` was long overdue, it was named this way to avoid conflicts with its `nitc` equivalent.

Pull-Request: #752
Reviewed-by: Lucas Bajolet <r4pass@hotmail.com>
Reviewed-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

nitg: fix typo in doc of `before_send`

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

nitg: fix typo in doc of `MParameterType`

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

nitg: rename `common_ffi` group to `ffi`

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

Merge: Correct behavior of attribute reading in nitvm

This (small) PR allows the nitvm to pass more tests related to attributes reading.

The first commit introduces a new type and Instance which represent the initial values inside attributes.
In the second commit, the vm now throw the expected error when reading an uninitialized attribute.
The last commit implements ```isset``` expressions in the vm.

So, all tests base_attr*.nit are now corrects in the vm.

Pull-Request: #748
Reviewed-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>
Reviewed-by: Lucas Bajolet <r4pass@hotmail.com>

Merge: Capitalize on Strings

Added the capitalized method on String as requested by @Morriar

Pull-Request: #741
Reviewed-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>
Reviewed-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

nitvm: Handles isset expression

Signed-off-by: Julien Pagès <julien.projet@gmail.com>

nitvm: Throw an error when trying to read an uninitialized attribute

Signed-off-by: Julien Pagès <julien.projet@gmail.com>

nitvm: Introduces a type which represents initial values inside attributes

Signed-off-by: Julien Pagès <julien.projet@gmail.com>

lib/standard/string: Added capitalized/capitalize method to String/Buffer

Signed-off-by: Lucas Bajolet <r4pass@hotmail.com>

Merge: Nitcorn improvements & avoid double Tnits

The tnitter part was asked by @privat

Pull-Request: #740
Reviewed-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

Merge: Polymorphic extern classes

The changes in the compiler ensure that extern classes (or sub classes of Pointer) are always boxed when in the generated code. This means that we now have 2 levels of boxing, the boxing within Nit and the unboxing for user C code where extern classes are pointers (FFI and legacy NI).

This change will allow to use extern classes in virtual types and generic types. It will be used by the `android::ui` modules.

The change also detected some wrongful use of the FFI which have been corected.

There's a bug weird on my computer on the test of nitcc, hopefully pratchett will do better.

Pull-Request: #715
Reviewed-by: Jean Privat <jean@pryen.org>
Reviewed-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>
Reviewed-by: Lucas Bajolet <r4pass@hotmail.com>

tnitter: redirect after posting

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

nitcorn: by default a file is an application/octet-stream

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

nitcorn: use a default virtual host when none are configure to handle a request

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

nitcorn: add the media type for `apk` extension

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

tests: intro test for polymorphic use of extern classes

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

Merge branch 'master' into polymorphic_extern_classes

niti: fix type in tool description

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

lib/curl: fix missing import of string.h and clean up header

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

nitg*: extern classes a polymorph in Nit, and unboxed only for extern methods

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

Merge: Markdown

# lib: Introduce `markdown`, a Markdown parser for Nit.

_Please consider only f9c54c4, since previous commit are merged from #627._

This is the first step towards a better markdown interpretation into Nit code comments.
Next step will be to replace the current markdown parser used in `src/markdown`.

This parser try to be a little more closer to the Markdown specification from http://daringfireball.net/projects/markdown/ than the actual parser.
That said, some rules are not strictly followed as explained in the `README`.
Some other rules or features are not yet fully implemented, see `TODO` and `FIXME` in code.

Pull-Request: #680
Reviewed-by: Jean Privat <jean@pryen.org>
Reviewed-by: Lucas Bajolet <r4pass@hotmail.com>

Merge: Clean AMethPropdef clients

1. Update code to not rely on specific subclasses of AMethPropdef
2. Implements alternative path where abstract, intern and extern are annotations

The next PR should modify the grammar.

Pull-Request: #736
Reviewed-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>
Reviewed-by: Lucas Bajolet <r4pass@hotmail.com>

Merge: pkgconfig annotation uses the module name if no packages are specified

Pull-Request: #735
Reviewed-by: Jean Privat <jean@pryen.org>
Reviewed-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>

Merge: Regular expressions & prop to bring back a better `String::has(Pattern)`

As asked by everyone...

`String::has(Pattern)` is much faster than `String::index_of(Pattern)` with regex. It can be optimized even more with `optimize_is_in`.

I'll be waiting after the test to make sure that it doesn't break anything.

What do you think of the doc/tests on the protected methods? I don't have any info to add, only tests and `requires`.

The only TODO would be to implement subexpressions; to get the the substrings of the parenthetical subexpressions of a single match. It is not the most common use but could be useful in some compilers.

Pull-Request: #732
Reviewed-by: Jean Privat <jean@pryen.org>
Reviewed-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>
Reviewed-by: Lucas Bajolet <r4pass@hotmail.com>

Merge: Superclasses ordering in nitvm and a bug fix

The first commit fixes a bug in the allocation of internal attributes structures.

The second commit introduces structures for saving the offsets of each block of methods and attributes in each class.
For now, this is not used, but later this will help the compilation/recompilation protocol to chose which implementation mechanism could be used for a given call site.

The third commit presents an algorithm for ordering superclasses (a kind of linearization). This computed order is the order of classes in virtual tables.
This order is computed to follow the rule called "prefix condition": for a given class that we are currently ordering, we try to put the order of one of its direct superclasses in prefix of its own order.

Pull-Request: #728
Reviewed-by: Lucas Bajolet <r4pass@hotmail.com>
Reviewed-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>
Reviewed-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

Merge: Benitlux web interface

Also:
* Fix nitserial
* Improve nitcorn
* Add the config of xymus.net as example for nitcorn

Pull-Request: #708
Reviewed-by: Jean Privat <jean@pryen.org>
Reviewed-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>

ffi: use `AMethPropdef` instead of `AExternPropdef`

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

tests: update tests for markdown.

Signed-off-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>

tests: rename `test_markdown.nit` to `test_docdown` to avoid name conflicts with `lib/markdown`.

`src/markdown` will be replaced by `src/doc_down` in a later PR.

Signed-off-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>

lib: Introduce `markdown`, a Markdown parser for Nit.

Signed-off-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>

serialisation_phase: use `AMethPropdef` instead of `AConcreteInitPropdef`

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

modelize: works if abstract, intern and extern are annotations

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

lib: intro `re`, regular expressions in Nit

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

lib: update egl, glesv2 & x11 to use pkgconfig without args

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

pkgconfig: if there is no argument, use the module name

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

model: intro a service to get the `Pointer` type

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

nitvm: Introduce a custom algorithm for ordering superclasses

Signed-off-by: Julien Pagès <julien.projet@gmail.com>

nitvm: Keep the positions of methods and attributes blocks in each class

Signed-off-by: Julien Pagès <julien.projet@gmail.com>

nitvm: Fixing a bad allocation of internal structures for attributes

Signed-off-by: Julien Pagès <julien.projet@gmail.com>

tests: fix sav of xymus.net config

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

lib: replace `String.has(Char)` with `String.has(Pattern)`

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

Merge: neo: Forces MParameter ranking in MSignatures

Also update corresponding test and make test sav more easy to read.

This PR provides two fixes and close #725:

1- use the MParameter `rank` node property to order the mparameters in the signature
2- use the MSignature `parameter_names` to get the declaration order of the parameters (so you don't have to load the MParameters nodes to display the short `MSignature`).

Pull-Request: #731
Reviewed-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

Merge: Chain implememtations

Change in engine so the selected implementation is more abstract and has some kind of fall-back.

1. if intern or extern, try to get the specific implementation
2. else try to compile the body
3. else compile an error

The point is top prepare a future PR where intern and extern methods could provide an alternative (slow or degraded) implementation.

Pull-Request: #730
Reviewed-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>

Merge: phases: do not reanalyze amodules in run_phase

Multiple `run_phase` invocation should not analyze a amodule twice.

This is a workaround, the whole phase API should be improved to make late
module loading less error-prone and more simple.

Close #726

Pull-Request: #729
Reviewed-by: Lucas Bajolet <r4pass@hotmail.com>
Reviewed-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>

Merge: nitpick, the nit lintian

Check Nit programs for issues and other stuff.

Currently, only a fast checker to use with the vim plugin.
50% faster than before.

~~~
$ time nitg nitg.nit --only-metamodel
user 0m1.752s
$ time nitpick nitg.nit
user 0m0.872s
~~~

Pull-Request: #724
Reviewed-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>
Reviewed-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>
Reviewed-by: Lucas Bajolet <r4pass@hotmail.com>

neo: Forces MParameter ranking in MSignatures

Also update corresponding test and make test sav more easy to read.

Fixes #725

Signed-off-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>

niti: chain implementation attempts

1. intern/extern
2. body
3. abort

Because of the lack of multiple return, `intern_call` returns an instance,
null, or a false object to indicate the error.

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

comp: chain implementation attempts

1. intern/extern
2. body
3. abort

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

Conflicts:
src/modelize/modelize_property.nit

phases: do not reanalyze amodules in run_phase

Multiple `run_phase` invocation should not analyze a amodule twice.

This is a workaround, the whole phase API should be improved to make late
module loading less error-prone and more simple.

Close #726
Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

pep8analysis: use header of xymus.net

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

examples: add the config of xymus.net as a nitcorn example

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

contrib: intro the benitlux project

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

Merge: New `deprecated` annotation

The `deprecated` annotation is used on methods to produce warnings when called in a non-deprecated method.

Instead of a simple Boolean flag, deprecation is a rich model information structure that can contains some documentation, and later be extended (eg. version information, suggested substitution, etc.).

Example:
~~~
class A
   # standard documentation
   fun foo is
      # doc for the deprecation
      deprecated
   do
     stuff
   end
end
~~~

Migration of the existing code to use `deprecated`will done in a future PR, once #719 is merged to avoid conflicts.

nitdoc need also to be extended and presents deprecation information. (see #640)
Since the deprecation documentation is autonomous, it could be displayed specifically (eg. in a colored box)

Pull-Request: #723
Reviewed-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>

Merge: make: initial make build nitpretty.

Also rearrange the order of compilation.

Pull-Request: #720
Reviewed-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>

Merge: src: transform all old `writable` in annotations

So just insert an `is`, and move it after the initial value if any.

~~~
sed -i '/ is /!s/\(\( redef\)\?\( protected\)\? writable\)\(.*\)/\4 is\1/'
~~~

The following commits disable old-style attributes and setters in modelize_rpoperty to prevent any reintroduction of them.

This prepare a future PR where old-style attributes and setters are removed from the parser.

Close #280

Pull-Request: #719
Reviewed-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>

tests: add sav/nitpick.res

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

vim: use nitpick for faster syntastic

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

src: new tool nitpick

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

tests: add base_deprecated

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

phase: add an indirection to process_npropdef so that specifc toolcontext can control it

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

modelize: introduce annotation

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

modelize: set_doc takes the modelbuilder

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

model: introduce MDeprecationInfo

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

make: initial make build nitpretty. Also rearrange the order of compilation.

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

tests: update but disable nitpretty_args22 since it segfaults

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

modelize_property: disable old-style attributes

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

modelize_property: disable old-style setter

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

src: transform all old writable in annotations

So just insert an `is`, and move it after the initial value if any.

~~~
sed -i '/ is /!s/\(\( redef\)\?\( protected\)\? writable\)\(.*\)/\4 is\1/'
~~~

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

Merge: Nitdoc: some cleaning and fixes.

Some small fixes for nitdoc before the introduction of new features.

No concrete impact on visual for now.

Pull-Request: #718
Reviewed-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

Merge: Introduce `nitpretty`: a pretty printer for nit source files.

# Commit summary

First commit introduce the tool (formated with nitpretty).
Second commit add tests for nitpretty.
Last two commits propose an update of lib files formatted with nitpretty.

# Tool Description

`nitpretty` is a tool able to pretty print Nit files.

Usage:

    $ nitpretty source.nit

Main options:

* `-o res.nit` output result into `res.nit`
* `--diff` show diff between `source` and `res`
* `--meld` open diff with `meld`
* `--check` check the format of multiple source files
* `--check --meld` perform `--check` and open `meld` for each difference

## Specification

The specification of the pretty printing is described here.

* Default indentation level is one `' '` character and
is increased by one for each indentation level.
* Default line max-size is 80.

### Comments

There is many categories of comments:

`Licence comments` are attached to the top of the file
no blank line before, one after.

    # This is a licence comment

    # Documentation for module `foo`
    module foo

`ADoc` are documentation comments attached to a `AModule`, `AClassdef`, `APropdef`.

They are printed before the definition with a blank line before and no after
at the same indentation level than the definition.

    # Documentation for module `foo`
    module foo

    # Documentation for class `Bar`
    class Bar
         # Documentation for method `baz`
         fun baz do end
    end

`Block comments` are comments composed of one or more line rattached to nothing.
They are displayed with one blank line before and after at current indent level.

    <blank>
    # block
    # comment
    <blank>

`Attached comments` are comments attached to a production.
They are printed as this.

    fun foo do # attached comment
    end

`nitpretty` automatically remove multiple blanks between comments:

    # Licence
    # ...
    <blank>
    # Block comment

### Inlinging

Productions are automatically inlined when possible.

Conditions:

* the production must be syntactically inlinable
* the inlined production length is less than `PrettyPrinterVisitor::max-size`
* the production do not contains any comments

### Modules

* There is a blank between the module declaration and its imports
* There is no blank between imports and only one after
* There is a blank between each exten block definition
* There is a blank between each class definition
* There is always a blank line at the end of the module

Example:

    # Documentation for module `foo`
    module foo

    import a
    # import b
    import c

    # Documentation for class `Bar`
    class Bar end

    class Baz end # not a `ADoc` comment

### Classes

* There is no blank between the class definition and its super-classes declarations
* There is no blank between two inlined property definition
* There is a blank between each block definition
* There no blank line at the end of the class definition

Example:

    # Documentation for class `Bar`
    class Bar end

    class Baz
         super Bar

         fun a is abstract
         private fun b do end

         fun c do
              # ...
         end
    end

Generic types have no espace after or before brackets and are separated by a comma and a space:

    class A[E: Type1, F: Type1] do end

### Blocks

* Inlined productions have no blank lines between them
* Block productions have a blank before and after

    var a = 10
    var b = 0

    if a > b then
         # is positive
         print "positive"
    end

    print "end"

### Calls and Binary Ops

Arguments are always printed separated with a comma and a space:

    foo(a, b, c)

Binary ops are always printed wrapped with spaces:

    var c = 1 + 2

Calls and binary ops can be splitted to feat the `max-size` constraint.
Breaking priority is given to arguments declaration after the comma.

    return foo("aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa", "bbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbb",
       "cccccccccccccccccccccccccc")

Binary ops can also be broken to feet the `maz-size` limit:

    return "aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa" + "bbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbb" +
       "cccccccccccccccccccccccccc"

# Fiability of the tool

I tested it on lib/ and verified manually all the changes. The result displayed in the two lasts commits contains no manual transformation (except to adjust some misplaced comments).

I guess that some constructs are not treated as well as they can, I need some user feedback.

There maybe still cases in src/ that are not printed without some bugs so I will not say that it's safe to print and replace files you are working on and have no copy of.

How to stay safe? Simple, commit before applying pretty printing and check the diff after or use options `--diff` or `--meld` to apply changes manually.

I used the option combination `--check --meld` to check and edit all the lib/ files one by one. It was surprinsingly fast but boring...

I also ran the tool on src/ and it ended up with no failures but there still formatting to update, I propose the lazy way: futures users may apply the formatter before commiting files.

# TODO

It can be cool to integrate this with vim or a Nit IDE.
It can also be integrated with some tests hooks before merging.

The `collect_length` calculation is based on `Token::collect_text` so the length is based on the tokens as they are written and not how they will be trasnformed. Furthermore, possibles spaces or trailing comments are not taken into account.

This have two impacts:

* some lines are not break at 80 chars and may overflow by a few chars
* when appliying the pretty printer on an already pretty printed file, some new transformation can append (because some `end` tokens have been removed by the previous execution and production is now shorter and can be inlined).

Possible fixes:

* ran the tool while the fix point if not reached :p
* redefines the `collect_length` method for all production to take spaces into accounts
* pre-do a transformation, test the length of the result then apply the inlining

All but first, can be long to implement for the possibles outcomes so I forward this to future-me "if needed later".

Pull-Request: #645
Reviewed-by: Jean Privat <jean@pryen.org>
Reviewed-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>
Reviewed-by: Lucas Bajolet <r4pass@hotmail.com>

nitdoc: update tests

Signed-off-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>

nitdoc:sanitize generated html

Fixes #669.

Remaining errors are related to duplicated html ids in comments.
Those are generated by the markdown parser and will be fixed in
a further pull request.

Signed-off-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>

nitdoc: clean some useless super-strings

Signed-off-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>

nitdoc: make `TplLink::text` type less specific

Signed-off-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>

nitdoc: fix `TplArticle::is_empty`

Signed-off-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>

nitdoc: fix `MEntity::tpl_anchor` documentation

Signed-off-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>

nitdoc: clean some templates generation

Signed-off-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>

nitdoc: fix scroll bar display

Signed-off-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>

nitdoc: remove unused method `sort_by_public_owner`

Fixes #668

Signed-off-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>

nitdoc: avoid conflicts in MEntity urls

Signed-off-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>

nitdoc: avoid crash on empty mclassdef list.

Signed-off-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>

nitdoc: clean breadcrumbs generation.

Signed-off-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>

nitdoc: move page url into `NitdocPage`

Signed-off-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>

Merge: Clean benchs

update benchs/bebch_engines.sh to fix issues, add options and programs.

Preview of updated version is available at http://info.uqam.ca/~privat/nitdoc/ ; was run in background on a busy machine, so numbers have a lot of uncertainty.
bench_engines is quite interesting.

Pull-Request: #714
Reviewed-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>

Merge: tests: improve documentation

Closes #711

Pull-Request: #713
Reviewed-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>
Reviewed-by: Lucas Bajolet <r4pass@hotmail.com>

tests: improve documentation

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

bench: add generated files for xml and html to .gitignore

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

benchs: produce .xml files conform with junit

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

benchs: add more engines and gc options

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

benchs: update compilation options (faster, slower, etc.)

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

benchs: use the bootstraped nitg because it is correcly compiled since d055af3c72

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

benchs: update run programs. Remove pep8analysis because it is too fast

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

tests: add meta-tests related to the execution control

* zzz_tests/zzz_test_args.nit
* zzz_tests/zzz_test_envvar.nit
* zzz_tests/zzz_test_in.nit
* zzz_tests/zzz_test_post_proc.nit
* zzz_tests/zzz_test_write.nit

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

tests: add licence to existing zzz_tests files

Signed-off-by: Jean Privat <jean@pryen.org>

lib/pnacl: fix import of extern classes types source files

Signed-off-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>

tests: skip nitpretty for niti.

Signed-off-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>

Merge: Kill oldstyle attributes

Remove remaining usage of old style attributes declarations `var _foo`.

Also remove the annotation `old_style_init` in the parser.

Pull-Request: #712
Reviewed-by: Lucas Bajolet <r4pass@hotmail.com>
Reviewed-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>

Merge: Clean src

Since there is groups in the c_src compiler, use them in src to regroupe related concerns.

Thus, this PR creates new groups:

* modelize (AST-> model)
* semantize (AST+model -> augmented AST)
* frontend (modelize+semantize+other stuff)
* compiler (all compiler-related things)
* interpreter (all interpreter related things)

Some more things remain to discuss latter:

* the status of platforms things: I moved them to compiler, does this make sense?
* I let the nit*.nit and test_*.nit at the top level to have a fast glance of what are the entry points/main modules. Is this a good idea?
* what to do with the remaining modules in the src directory?

Pull-Request: #706
Reviewed-by: Alexandre Terrasa <alexandre@moz-code.org>
Reviewed-by: Alexis Laferrière <alexis.laf@xymus.net>
Reviewed-by: Lucas Bajolet <r4pass@hotmail.com>